Kelebihan dan kelemahan penerapan e-Learning telah dapat diterima dan diadopsi dengan cepat karena pengguna termotivasi dengan keuntungannya, antara lain:
- Efisiensi biaya, e-Learning mampu menghemat biaya yang harus dikeluarkan oleh organisasi karena tidak perlu mengeluarkan biaya untuk pengadaan peralatan kelas, seperti ruang kelas, papan tulis, projector, alat tulis, dan lainnya.
- Efektifitas pembelajaran, e-Learning merupakan hal baru yang menarik dapat memotivasi siswa untuk mencobanya, sehingga jumlah peserta dapat meningkat. E-Learning yang didesain dengan desain intruksi yang menarik dan dilengkapi materi berbasis multimedia dapat meningkatkan pemahaman isi pelajaran.
- Fleksibilitas waktu, e-Learning membuat pelajar dapat menyesuaikan waktu belajarnya karena dapat mengakses pelajaran kapanpun diinginkan.
- Fleksibilitas tempat, e-Learning membuat pelajar dapat mengakses pelajaran di mana saja, selama komputer terhubung dengan jaringan internet.
- Fleksibilitas kecepatan pembelajaran, e-Learning dapat disesuaikan dengan kecepatan belajar masing-masing siswa.
- Masalah kesiapan institusi, penerapan e-Learning menuntut kesiapan institusi atas segala konsekuensinya. Institusi harus menyiapkan perangkat kebijakan dan peraturan untuk penerapan e-Learning, termasuk biaya.
- Masalah kesiapan instruktur, permasalahan pada instruktur bukan hanya terletak pada kesiapan untuk mengubah sistem pembelajaran konvesional ke e-Learning. Instruktur harus siap untuk bekerja lebih keras karena harus mengelola dan memelihara e-Learning. Masalah lainnya adalah kemampuan pemanfaatan ICT yang belum merata.
- Masalah kesiapan siswa, siswa dituntut mampu memotivasi diri sendiri agar mau belajar mandiri (self-learning). Sedangkan, sebagian besar siswa di Indonesia memiliki motivasi belajar yang lebih banyak tergantung kepada instruktur. Kemampuan pemanfaatan ICT juga masih kendala, terutama pada siswa yang ada di daerah pelosok. Sebagai catatan, menurut sebuah studi pada tahun 2000 yang dilakukan oleh Forrester Group kepada 40 perusahaan besar di Amerika menunjukkan bahwa sebagian besar pekerja (lebih dari 68%) menolak untuk mengikuti pelatihan atau kursus yang menggunakan konsep e-Learning. Ketika e-Learning itu diwajibkan kepada mereka, 30% menolak untuk mengikutinya (Dublin & Cross, 2003). Hasil studi lainnya mengindikasikan bahwa dari orang-orang yang mendaftar untuk mengikuti e-Learning, 50-80% tidak pernah menyelesaikannya sampai akhir (Delio, 2000)
- Masalah biaya investasi, walaupun e-Learning dapat menghemat banyak biaya, tetapi institusi harus mengeluarkan biaya investasi awal yang cukup besar untuk menerapkan eLearning. Biaya investasi ini dapat berupa biaya desain dan pembuatan program LMS, biaya pembuatan materi pelajaran, dan biaya lainnya seperti sosialisasi, pelatihan, promosi,dan lainnya.
- Masalah teknologi, karena teknologi bisa beragam, maka ada kemungkinan teknologi tersebut tidak sejalan dengan yang sudah ada dan terjadi konflik teknologi, sehingga eLearning tidak berjalan dengan baik.
- Masalah infrastruktur, insfrastruktur jaringa internet belum menjangkau seluruh wilayah di Indonesia, akibatnya belum semua orang atau wilayah dapat merasakan e-Learning dengan internet.
- Masalah materi pembelajaran, walaupun e-Learning menawarkan berbagai fungsi, ada sejumlah materi yang tidak dapat diajarkan melalui e-Learning. Pelatihan yang memerlukan banyak kegiatan fisik, seperti praktek perakitan hardware, masih sulit disampaikan secara sempurna melalui e-Learning.
- Belum memadainya perhatian dari berbagai pihak terhadap penerapan pembelajaran terbuka dan jarak jauh (Open and Distance Learning/ODL) melalui internet